Le constructeur disposait déjà d'un moteur diesel, le 4 cylindres 1.6 décliné en version 90 et 112 ch, mais l'étiquette sportive "Cooper S" était toujours réservée aux motorisations essence.

Au vu de l'importante demande de moteurs diesel, Mini a finalement décidé d'équiper sa Cooper S d'un diesel performant. D'autant que BMW disposait déjà de ce moteur : il s'agit du 2 litres 4 cylindres de 143 ch qui équipe la  série 3. Le couple de 305Nm est disponible de 1.750 à 2.700tr/min, et les performances sont au rendez-vous avec un moteur disponible et particulièrement réactif sur tous les rapports. La Mini Cooper SD limite ses émissions à 114g/km ( elle n'aura donc pas droit au bonus écologique, mais restera encore longtemps dans la zone neutre ) et réalise le 0 à 100km/h en 8,1 secondes. En outre, elle atteint 215km/h en vitesse de pointe.

Le Countryman profitera également de cette motorisation, disponible en version traction ou intégrale, mais étant le plus lourd, les chiffres de consommation sont revus légèrement à la hausse avec 4,6 litres aux 100 km (122 g/km de CO2) et 4,9 litres (130 g/km ) pour la version intégrale.

Ce moteur se dote du Start/Stop, du filtre à particules et du récupérateur d'énergie cinétique lors des freinages. Une boîte automatique à six rapports sera disponible dès le lancement. Toutes les carrosseries sont concernées par ce moteur: Mini Hatch, Clubman, Cabrio et Countryman.

Esthétiquement, les versions équipées de ce Diesel auront droit au même traitement que les Cooper S essence : la double sortie d'échappement, les prises d'air voyantes et les becquets.